Nonostante le nuove tecnologie integrate e un leggero incremento nei costi di produzione Apple ricaverà oltre 500 dollari per ogni iPhone 6s venduto. La stima del costo delle parti e componenti è formulata da Merryl Lynch, riportata da Business Insider, società di analisi di Bank of America che indica per ogni iPhone 6s venduto un costo di produzione di 234 dollari, totale che quindi non si differenzia molto dai 200-247 dollari stimati lo scorso anno per la produzione di iPhone 6.
Il componente più costoso è lo schermo Retina con tecnologia 3D Touch pari a 50 dollari, mentre quello del nuovo processore Apple A9 è di 25 dollari. Complessivamente per ogni iPhone 6s venduto Apple spende circa 127 dollari in semiconduttori, incluso il processore, mentre i sensori incluso Touch ID costano circa 22 dollari: il solo chip di storage da 64 GB costa 20 dollari.
Come sempre avviene per queste valutazioni delle società di analisi anche quella dedicata a ogni iPhone 6s venduto riguarda esclusivamente la produzione. In questa stima sono quindi escluse numerose voci fondamentali di costo come quella della manodopera, ricerca e sviluppo, licenze software, assemblaggio, spedizioni e anche i costi di marketing e pubblicità. Con l’introduzione dei nuovi iPhone 6s e iPhone 6s Plus i costi di produzione per Apple aumentano, così come è avvenuto sempre in passato al lancio di nuovi modelli. Il costo per unità tende però a diminuire in un secondo tempo, quando costruttori e assemblatori riescono a ottimizzare processi e tecnologie soprattutto grazie alle economie di scala rese possibili dai grandi volumi di ordinativi commissionati da Cupertino.